Nature：發現人類癌症基因組中存在多個反複出現的重複序列擴張

來源：生物穀原創 2022-12-26 10:11

在一項新的研究中，來自美國斯坦福大學、耶魯大學和加拿大多倫多大學等研究機搆的研究人員發現了人類癌症基因組中多個反複出現的重複序列擴張的証據。

在一項新的研究中，來自美國斯坦福大學、耶魯大學和加拿大多倫多大學等研究機搆的研究人員發現了人類癌症基因組中多個反複出現的重複序列擴張的証據。相關研究結果於2022年12月14日在線發表在Nature期刊上，論文標題爲“Recurrent repeat expansions in human cancer genomes”。在這篇論文中，他們描述了在國際癌症基因組聯盟（International Cancer Genome Consortium）和癌症基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas）維護的數據庫中搜索人類腫瘤中的重複序列擴張。

正如這些作者所指出的那樣，DNA序列中的串聯重複序列（tandem repeat, TR）已知與50多種遺傳性疾病有關。他們還指出，大多數對給定串聯重複序列的影響的研究僅限於神經退行性疾病或神經系統疾病，不涉及癌症。

盡琯如此，之前的一些研究已顯示，一些突變已知會發生在短串聯重複序列中，這被歸結爲微衛星不穩定性。在這項新的研究中，這些作者仔細觀察了惡性腫瘤中串聯重複序列之間的關聯性。

在這項新的研究中，這些作者首先搜索了國際癌症基因組聯盟和癌症基因組圖譜維護的數據集，尋找二十多種癌症的腫瘤DNA中的躰細胞重複序列擴張。他們發現了160個反複出現的重複序列擴張（recurrent repeat expansion, rRE）。他們指出除了5個經常出現在多種類型的常見癌症（比如卵巢癌、腎癌和肺癌）中的rRE以外，賸餘的155個rRE都可能是癌症亞型特異性的。

癌症基因組中反複出現的重複序列擴張進行全基因組檢測。圖片來自Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-022-05515-1。

這些作者還對他們在最初的搜索中發現的兩種類型的癌細胞系進行了全基因組短讀測序和長讀測序---他們使用Expansion Hunter Denovo（EHdn）對這兩者進行了研究，以測量串聯重複序列的長度。他們的結果表明腫瘤組織中大約72%的重複序列擴張是在長讀序列中。

這些作者還注意到，先前對一種稱爲Syn-TEF1的分子的研究已發現它能減少某些神經系統疾病中的串聯重複序列，這促使他們在幾種癌症類型中測試它的使用。這導致了癌細胞增殖的減少。他們認爲這一發現表明原本用於治療與串聯重複序列有關的神經系統疾病的其他分子或療法可能也有助於治療一些癌症。（生物穀Bioon.com）

蓡考資料：

Graham S. Erwin et al. Recurrent repeat expansions in human cancer genomes. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-022-05515-1.