第二篇：Haploview做單倍型教程2--分析教程

計劃分爲三篇文章：

• 第一篇：Haploview做單倍型教程1--軟件安裝
• 第二篇：Haploview做單倍型教程2--分析教程
• 第三篇：Haploview做單倍型教程3--結果解讀

今天是第二篇。

1. 數據準備

需要做單倍型分析的是基因型數據，一般是顯著性的SNP，提取上下遊500kb，然後進行block的分析。

這裡，準備的是plink數據，比如我們要提取：

• 染色躰是6
• 開始位置是1000000
• 終止位置是2000000

vcftools --vcf aaa.vcf --chr 6 --from-bp 1000000--to-bp 2000000--recode --out block1

將其轉化爲plink的map和ped數據：

plink --vcf block1.recode.vcf --recode --out a1

2. 整理數據

將map的第二列和第四列提取出來，保存爲a1.info文件。

ped數據，保持不變：

3. 導入數據

選擇第一種格式：Linkage Format，然後將ped數據導入到Data File中，將info數據導入到Locus Information File文件中。

結果：

查看Block：

查看TaggerSNP：

上麪就是下數據分析實操方法。

下一篇介紹Haploview結果如何解讀及如何微調結果。

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